Uzun bir tarihi geçmişe sahip olan Slovaklar Slav kökenli olup, Avusturya-Macaristan İmparatorluğu ve Macar Krallığı'nın içinde yaşamışlardır.
M.Ö. 450 yılından itibaren bugünkü Slovakya'nın yer aldığı bölgede Kelt'ler yerleşmişlerdir. Slavlar'ın bölgeye gelişleri ise M.S. 5. yüzyılda başlamıştır. 10. yüzyılın başlarında Macarlar günümüz Slovakya'sının bulunduğu bölgeyi kendilerine bağlamışlardır. Bölgenin güneyine bu tarihten itibaren etnik Macarlar yerleşmekle birlikte, 13. yüzyıldan itibaren Germenlerin ve daha sonra ise Yahudilerin de gelmesi etnik yapıyı önemli ölçüde değiştirmiştir.
Osmanlı İmparatorluğu'nun Macaristan içinde yayılması ve 16. yüzyılda Buda kentini fethetmesi sonrasında Macaristan Krallığı'nın başkenti 1536 yılında o dönemki adıyla Pressburg olan Bratislava'ya taşınmıştır. Türklerin 18. yüzyılda Macaristan'dan çekilmesi ile Slovakya'nın anılan krallık içindeki önemi azalmakla birlikte, Bratislava 1848 yılına kadar Macaristan'ın başkenti olarak kalmıştır.
1848-1849 ihtilali sırasında Slovaklar, Avusturya krallığının Macaristan kısmından ayrılmak ümidiyle dönemin Avusturya İmparatorunu desteklemişler, ancak bu amaçlarında başarıya ulaşamamışlardır. 1867-1918 yılları arasında Avusturya-Macaristan İmparatorluğu döneminde, "Macarlaştırma" kampanyası sırasında baskılara maruz kalmışlardır.
Slovaklar, Çeklerle birlikte, I. Dünya Savaşı'ndan sonra, 28 Ekim 1918'de ilk Çekoslovakya devletini kurmuşlardır. (Bu şekilde tarihi Bohemya, Moravya ve Slovakya bölgeleri bir araya gelmiştir). Bununla birlikte, Çek ve Slovak ekonomilerinin tam anlamıyla bütünleşmeleri sağlanamamış, Slovakya'nın ekonomik sıkıntıları sosyal rahatsızlıklara yol açmıştır.
1938'de Almanya'nın Avusturya'yı ilhak etmesi, Çekoslovakya'yı zor duruma sokmuş, Almanya sınırları Bratislava yakınlarına dayanmıştır. Slovakya, Alman baskıları sonucunda 6 Ekim 1938'de Çekoslovakya'dan ayrılarak, "otonomi" ilan etmiş, Çek tarafı gibi o da Almanya'nın güdümüne girmiştir. Bununla birlikte ülkedeki Nazi karşıtları örgütlenerek, 1944'deki Slovak Ulusal Direnişi'ni oluşturmuşlar ve silahlı bir ayaklanma hareketi başlatmışlardır.
II. Dünya Savaşı'ndan sonra, 1945'den 1968'e kadar ülkede eski Sovyetler Birliği'nin etkisi altındaki komünist rejim hüküm sürmüştür. 1968'de Slovak asıllı Aleksander Dubcek, Çekoslovakya Komünist Partisi'nin liderliğine getirilmiş, ancak adıgeçenin "sosyalizme insani bir yüz vermek" çabaları Varşova Paktı orduları tarafından bastırılmıştır.
1988'de, 1968'i anmak için gösteriler düzenlenmiş, Komünist Partili Gustav Husak Cumhurbaşkanlığı'ndan istifa etmiş, Dubcek Federal Meclis Başkanlığına seçilmiştir.
1990'da ülke, Çek ve Slovak Federatif devletleri olarak ayrılmış, 1946'dan bu yana ilk serbest seçimler yapılmıştır. 1991'de Sovyet orduları Çekoslovakya'dan tamamen çıkmıştır. 1992'de yapılan genel seçimlerden sonra her iki tarafta iktidara gelen liderler, ayrılma kararı almışlar, böylece "kadife devrim" olarak adlandırılan bir süreç sonrasında Slovakya 1 Ocak 1993'de bağımsız bir devlet olmuştur.
1988'de, 1968'i anmak için gösteriler düzenlenmiş, Komünist Partili Gustav Husak Cumhurbaşkanlığı'ndan istifa etmiş, Dubcek Federal Meclis Başkanlığına seçilmiştir.
Özellikle 1998'den sonra iktidara gelen Mikulas Dzurinda Başbakanlığındaki Koalisyon Hükümetleri Avrupa kurum ve kuruluşları ile bütünleşme yönünde politikalar izlemişlerdir. Bu politikalar sonucu Slovakya 29 Mart 2004'te NATO'ya, 1 Mayıs 2004'te de AB'ye tam üye olmuştur.
AB üyeliği ertesinde Nisan 2004'te başkan seçilen Ivan Gasparovic Nisan 2009'da da % 55'in üzerinde oy alarak Slovakya'nın üst üste seçim kazanan ilk devlet başkanı olmuştur. Ülkede parlamento seçimleri ise Mart 2012'de yapılmış ve bağımsızlık kazanıldığından beri ilk kez bir parti mutlak çoğunluk kazanarak hükümet kurmuştur. Ülkenin başbakanı Smer Partisi lideri Robert Fico'dur.
Ülke idari açıdan 8 farklı bölgeye (Bratislava, Trnava, Trencin, Nitra, Zilina, Banská Bystrica, Prešov, Košice) ayrılmıştır. Bunun dışında Slovakya'da 79 farklı idare, 138 yerleşim yeri ve 2891 belediye bulunmaktadır.